חרבת קייאפה הינה אתר המשתרע על כ-30 דונמים בראש שלוחה התוחמת מצפון את עמק האלה. האתר נסקר ודווח רבות במשך למעלה ממאה שנה אבל רק בשנים האחרונות החלו פרופ’ יוסי גרפינקל מהאוניברסיטה העברית בירושלים וסער גנור מרשות העתיקות לנהל חפירה ארכיאולוגית סדורה באתר.
החופרים מדווחים על חשיפת עיר מבוצרת מימי הממלכה המאוחדת (המאה העשירית לפני הספירה). העיר מוקפת בחומה ולה שני שעריי תאים, שערים שהיו טיפוסיים לתקופת המלוכה ויש אף המכנים אותם ‘שערי שלמה’, על שם שערים כמעט זהים שנחשפו בחצור, במגידו ובגזר – ערי המסכנות שציווה שלמה לשקם. במחקר הארכיאולוגי הארץ-ישראלי נחפרו כבר עשרות רבות של אתרים בני התקופה, אבל בכול האתרים הללו אותר אך ורק שער אחד בעוד שבחר’ קייאפה זוהו שני שערים, האחד פונה דרומה לכיוון עמק האלה ותל שוכה הסמוך, והשני פונה מערבה, לכיוון עזקה ומישור חוף פלשת. בשל צמד השערים הציעו החופרים לזהות את העיר עם ‘שעריים’ המקראית המוזכרת בנתיב הבריחה של הפלשתים לאחר הדו-קרב של דוד וגלית בעמק האלה. שעריים זו יוחסה בעבר לאתר צפוני יותר והיא מקור שמה של השכונה המפורסמת בעיר רחובות.
חרבת קייאפה מתאפיינת לא רק בביצוריה המרשימים אלה גם בממצאים העשירים המעידים על תרבות עירונית מפותחת של תושביה. באתר נמצאו מצבות וכלי פולחן, כתובת בכתב עברי קדום העוסקת במהלכים פוליטיים, אך תכונה לא ברור לחלוטין ושפע חותמות על כלי חרב.
החוקרים תמימי דעים באשר לחשיבותו של האתר אך יש מחלוקת חריפה באשר לפרשנות הממצאים. לדעת גרפינקל וסער מדובר באתר עירוני מימי הממלכה המאוחדת, ימי המלכים דוד ושלמה. לדעתם אתר זה הינו הוכחה חותכת לאיכות המידע ההיסטורי שבמסורת המקראית. הימצאותו של אתר מתוכנן, מבוצר, המבטא פעילות ציבורית ופולחנית, אשר בין ממצאיו כתובת ושפע חותמות על כלי חרס הינה עדות לעצמת הממלכה לא רק בירושלים הבירה, אלא גם בספר יהודה סמוך לגבול פלשת.
המבקרים מעלים ספק באשר למידת הדיוק של החופרים בתיארוך ביצורי העיר ובעיקר שעריה. הם מציינים שגם אם הייתה זו עיר ישראלית, זו עיר קטנה בשטחה אשר אוכלוסייתה מנתה לא יותר ממאות תושבים וקיומה בשולי עמק האלה לא בהכרח משנה את הטענה שבמאה ה-י’ לפני הספירה ירושלים הייתה בירה קטנה מאוד וצנועה של ממלכה שבטית דלת אוכלוסין ואילו התיאורים המקראיים ה’אימפריאליים’ שייכים למיתוסים שהתפתחו רק במאה ה-ז’ לפני הספירה בעת גיבוש האתוס המשותף לפליטי ממלכת ישראל ולתושבי ממלכת יהודה, אז התגבש הטקסט המקראי.