עומר התחיל את דרכו בעמותה בשנת 2014 כעוזר מנהל שטח.
כיום, מעבר לעבודתו בעמותה כמומחה GIS, עומר כותב את עבודת הדוקטורט שלו באוניברסיטת בון בנושא המרחב החקלאי של ירושלים בתקופה האיסלאמית המאוחרת.
עומר חפר בתל בית שמש, מצדה, וח’ בית מזמיל והיום הוא חבר צוות במשלחת תל חדיד. בנוסף, הוא חבר צוות במעבדה החדשה לארכיאולוגיה חישובית במכון לארכיאולוגיה באוניברסיטת תל אביב.