ספר ירושלים שנכתב על ידי אבי יונה ויצא לאור בשנת 1956 היה היכרות ראשונה של ברקאי עם מי שהיה לימים מורו באוניברסיטה. בספר מוגש סיכום המחקר על תולדות ירושלים החל באמצע המאה ה-19 עד לאמצע המאה ה-20. הספר מביא לידי ביטוי את עושר הידע הכללי של אבי יונה. ברקאי מעיד שהשיעורים של אבי יונה היו מרתקים ומלאים במידע. הוא מעולם לא קרא מהכתוב וכל הידע היה בראשו. הוא לימד את כל התקופות הקלאסיות ומגוון נושאים, בהם: ארכיאולוגיה, ארכיטקטורה ומיתולוגיה.
ברקאי מספר שבאוקטובר 1966 הוא למד קורס אצל אבי-יונה, לתואר שני, שעסק בירושלים בימי בית שני. בתחילת הקורס אבי-יונה אמר: “מי יודע, אולי עד סוף הקורס נוכל לסייר באתרים”? זה נראה הזוי באותם ימים, אבל מיד לאחר מלחמת ששת הימים התקיים הסיור בעיר העתיקה. כמורה, הייתה לאבי-יונה שפה מיוחדת. הוא כינה את מקרן השקופיות, פנס קסם ואילו השקופית נקראה אצלו שקופיה. הוא נהג ל’שתול’ מדי פעם שגיאות בהרצאתו בכדי לבדוק האם התלמידים ערניים.
ביולי 1967 סייר ברקאי בעיר העתיקה והגיע למאפיה של זְלָטִימו, בה מכרו את מאפה הגבינה המכונה בערבית ‘מוטבאק’. בדלת האחורית של המאפיה ניתן היה לעבור ולראות את קשתות השער העתיק בו עברו מהקרדו מקסימום של ירושלים לעבר כנסיית הקבר. ברקאי ניגש בהתרגשות לאבי-יונה לספר לו על התגלית שלו. בתגובה, שלח אותו מורו לספרו של האב ון-סאן, משנת 1926 שם מתוארת המאפייה של זלטימו והעתיקות שבתוכה.
אבי-יונה נולד בעיר לבוב, באותם ימים באימפריה האוסטרו-הונגרית, ב-26 לספטמבר 1904. הוא עלה לארץ ב-1919, ולמד בגימנסיה העברית בירושלים (כמו רבים וטובים אחרים). ב-1925 נסע ללמוד באוניברסיטת לונדון וסיים את לימודיו בהצטיינות יתרה. ב-1928 חזר אבי-יונה לארץ ובאותם ימים לא הייתה לו אפשרות להתקבל ללמד באוניברסיטה. א”ל סוקניק אסף סביבו את אנשי שלומו, רובם בני האסכולה הפרוסית – הגרמנית ואיש מלבדם לא זכה להתקבל. על הפוליטיקה האוניברסיטאית אמר אברהם נגב בזמנו שהאקדמיה היא עולם תחתון במפלס העליון. בנסיבות אלה פנה אבי-יונה למחלקת העתיקות של המנדט וביקש לעבוד בה. באותם ימים ניהל את המחלקה ג’ון גַרְסְטָנְג, אשר היה אובססיבי ליהושע בן-נון ועסק בחפירות בכל האתרים המוזכרים בתנ”ך בהקשר ליהושע.
אבי-יונה מונה כספרן של מחלקת העתיקות והוא הקים את הספרייה של מוזיאון רוקפלר שהיא עד ימינו הספרייה העשירה בארץ בתחום הארכיאולוגיה וההיסטוריה של ארץ ישראל. הוא אף ארגן את הארכיון המדעי של מחלקת העתיקות של המנדט ולימים הגיעו משלחות ממדינות אחרות ללמוד מאבי-יונה כיצד יש לארגן ארכיון כזה. ב-1938 נפתח מוזיאון רוקפלר, בו ישבה מחלקת העתיקות של המנדט עד לשנת 1948. מחלקת העתיקות הייתה חלק ממחלקת עבודות ציבוריות של המנדט (מע”צ), מכיוון שהיא נועדה לשרת את עבודות הפיתוח של הארץ ולפנות את העתיקות בטרם יגיעו הדחפורים.
בעת הקמת מלון הולילנד בירושלים, על ידי הנס קרוך, החליט הבעלים להציב במלון העתקים של ממצאי עתיקות חשובים, בהם: מצבת מישע, כתובת השילוח, האובליסק השחור ועוד. בנוסף, הוא יזם הקמת מודל של ירושלים בימי הבית השני, מכיוון שבאותם ימים לא הייתה נגישות לעיר העתיקה ובלוך רצה ליצור עבור ישראלים ותיירים אמצעי המחשה לאותם ימים. החזון היה להקים מודל שייתן ביטוי לכל המידע ההיסטורי על העיר ולכל המידע הארכיאולוגי שנחשף עד אז. באופן טבעי, אבי-יונה נבחר להוביל את המיזם החל משנת 1962. הוא ניחן בידע רב מאוד ובנוסף היה לו כישרון רב לבטא את הידע שלו בפורמט פופולארי. לימים, לאחר הריסת המלון והקמת השכונה המפורסמת שהוליכה שורה של מפורסמים לבית המאסר בשל גזרי דין על שחיטות, הוחלט להעביר את הדגם למוזיאון ישראל. המוזיאון התלבט מאוד האם לקבל את הדגם, זאת מכיוון שמוזיאונים עוסקים כמעט ללא יוצא מן הכלל בהצגת מוצגי מקור ולא העתקים. אך המוזיאון זכה בנכס מיוחד במינו, בעל ערך מדעי ייחודי. הדגם הוא ביטוי לידע מדעי עשיר של אבי יונה, אבל בניגוד למאמר בו נשמר החופש לחוקר להציע כמה חלופות, הדגם חייב את אבי-יונה לפרשנות אחת בלבד. כשניגש לשחזר את התיאטרון הרומי של ירושלים, עליו דיווח יוספוס פלוויוס, הוא בחר להעתיק את תיאטרון אָסְפֶּנְדוס בפָּמְפִילְיָה שבדרומה של תורכיה ולמקם אותו על פי שיקולים טופוגרפיים וכן על פי שיקולי תכנון אורבני, כפי שהיה מקובל בתקופה הרומית. כיום ברור שבמקום בו הוא שחזר את התיאטרון – לא היה תיאטרון. בוצעו שם חפירות ולא נמצאו שרידים לתיאטרון.
בבחינה האחרונה שלו לתלמידי מ”א באוניברסיטה העברית, אחת השאלות היו: “פרט את טעויותיו של אבי-יונה בדגם ירושלים בהולילנד”. אכן ישנן בדגם הרבה טעויות, רובן הובהרו עם התפתחות החפירות הארכיאולוגיות ברחבי ירושלים. בדגם מוצגים בעיר העליונה של ירושלים בניינים גדולים בני 3-2 קומות. אבי-יונה השתמש במודל של בנייני עיר שהתגלו בתורכיה, בערים כגון: פריאנה או מילטוס. מדובר במבנים ששטחם 400-300 מ”ר ומבקריו טענו כלפיו שהוא הגזים. אבל מאוחר יותר הוא חפר וחשף בירושלים בתים ששטח קומת הקרקע שלהם אף 600 מ”ר. אבי-יונה הניח שגם ירושלים תוכננה בתכנית היפודמית, עם רחובות שתי וערב. הוא אף הניח שגם בירושלים היו לבתים גגות רעפים, כפי שהיה באיטליה, ביוון ובאסיה הקטנה. לימים, לא נמצאו בחפירות רעפים, ובעת העתקת המודל למוזיאון, הסירו את גגות הרעפים. את קשת רובינסון שחזר אבי-יונה כגשר המוביל לגבעה המערבית. אם זה היה גשר על פי פרשנותו המקורית, הוא היה הגשר העירוני הגדול ביותר בעולם הרומי. לימים חפר שם מזר ומצא במקום אומנה אחת בלבד, לפיכך הובהר שלא מדובר בגשר, אלא במדרגות עלייה להר הבית. כשנוכח אבי-יונה שטעה, פירק את הגשר ותיקן את המודל של הולילנד.
יוספוס מספר שאנטיוכוס השביעי צר על ירושלים ויוחנן הורקנוס נכנס לקבר דוד, הוציא משם אוצרות ושילם אותם לסלווקים על מנת שיסירו את המצור. מתוך המקורות, ברור לחלוטין שקבר דוד היה קיים בתקופה ההלניסטית. אבי-יונה רצה לשחזר את הקבר ומן הסתם היה בוחר לאתר את מיקומו, על סמך המקורות, בעיר דוד. אך בניגוד לעיר העתיקה, הר ציון היה נגיש לישראלים גם לפני 1967. באותם ימים ‘שלט’ בהר ציון שמואל זנוויל כהנא (שז”כ), אשר היה איש דומיננטי בציבוריות הישראלית. קבר דוד, אשר זוהה בתקופות מאוחרות על הר ציון, היה המקום היחיד ממנו יכלו הישראלים לצפות על הר הבית. בשל הרצון של אבי-יונה להימנע מעימות עם שז”כ, הוא שחזר את הקבר בהתאם למסורת ולא על פי עקרונות מדעיים.
אבי יונה כתב למעלה מ-400 מאמרים וערכים אנציקלופדיים. בנוסף כתב עשרות ספרים, אשר עסקו רבות במגע בין העולם הקלאסי לתרבויות המזרח. הוא ייסד את תחום הגיאוגרפיה ההיסטורית של התקופה הקלאסית ועל כך כתב את הדוקטורט שלו ב-1958 בלונדון וכן את ספרו המפורסם ביותר גיאוגרפיה היסטורית של ארץ ישראל, בהוצאת מוסד ביאליק. אבי יונה היה בעל מודעות יהודית וציונית מאוד מוחצנת. הוא התעניין בחקר בתי כנסת עתיקים ולכן חפר בעוספיה בכרמל את שרידי העיירה היהודית ‘חוסייפה’. שם מצא את הכתובת “שלום על ישראל”, כתובת שהופיע על שטר הלירה בזמנו.
כשוועדת פיל ביקרה בארץ, בשנות ה-30, היו שמועות שהוועדה נסמכת על תיאוריות של החוקר הנטינגטון, אשר טען שכושר הנסיעה של ארץ ישראל מוגבל. גישה זו הביאה את השלטונות לטעון שבארץ אין מקום ל”זבוב אחד נוסף”, ולפיכך ביקשו הבריטים לעצור את העלייה היהודית. ההסתדרות הציונית מסרה לוועדה מזכר, שהוכן על ידי אבי-יונה, לפיו בארץ ישראל הביזנטית היו תושבים רבים מאוד וערים רבות שהתקיימו בארץ, לדוגמה ערי הנבטים בנגב, הן כיום אזורים שוממים. המזכר הוגש בעילום שם.
עם הקמת המדינה שמואל ייבין הוצב בראש מחלקת העתיקות. ייבין היה המתורגמן הראשי בממשלת המנדט. בישראל החליטו לשייך את מחלקת העתיקות למשרד החינוך בראשות השר דינור. אבי-יונה נותק ממקום עבודתו ומהארכיון והספרייה שנותרו בממלכת עבר הירדן והוא מונה למזכיר המדעי של מחלקת העתיקות. רק כעבור שנים, כאשר היה כבר חוקר בעל שם, התקבל בשנת 1953 כחבר סגל באוניברסיטה העברית בירושלים.
מרבית הערכים ההיסטוריים והארכיאולוגים באנציקלופדיה העברית נכתבו על ידי אבי יונה, גם בנושאים שלא היו במרכז התמחותו. הוא הרבה להדריך סיורים בארץ ובחו”ל והקשר עם הציבור הרחב היה חשוב לו מאוד.
אבי-יונה היה חבר הוועד המנהל של החברה לחקירת ארץ ישראל ועתיקותיה והיה יוזם הכנסים השנתיים של החברה. באותם ימים הגיעו אלפי אנשים, בעשרות אוטובוסים, לכנסים שהתקיימו לרוב בחג סוכות. באותם כנסים אבי-יונה נחשב לאחד המדרכים המבוקשים ביותר.
אבי-יונה היה איש התיאוריה, אך במעשה היה די מוגבל בעבודת השדה. הוא כמעט לא ניהל חפירות והתקשה לנהל את החפירות הבודדות בהן היה מעורב. בעת הקמת בנייני האומה בגבעת שיח’ באדר, התגלו עתיקות שנחפרו לראשונה על ידי אבי-יונה בשנת 1949. בחפירה נחשפו בתי מלאכה של הלגיון ה-X הרומי בהם צַרְפוּ לבנים, רעפים, צינורות בתי מרחץ ופרטי קרמיקה נוספים. באתר ישנו עורק של חוואר שמתאים לייצור כלי החרס. אבי-יונה שב למקום בעת שבנו שם את מלון הילטון, הסמוך לבנייני האומה, לימים מלון קראון פלזה.
אבי-יונה חפר את בית הכנסת בקיסריה. בבית ירח הוא חפר, לצד מזר ושטקליס, בשנת 1944. החפירה הייתה ביוזמת ההסתדרות הציונית, אשר ביקשה להקים את בית המדרש אוהלו לזכרו של ברל כצנלסון על גבי אחד התלים החשובים בארץ. אבי-יונה מצא את עצמו חופר שם מבנה מחסנים מתקופת הברונזה הקדומה, למרות שהוא היה חוקר התקופות הקלאסיות.
מיכאל אבי-יונה הלך לעולמו, לאחר מחלת לב, בשנת 1974, בן 70 בלבד. לאחר מותו נדרשו 5-4 מורים בכדי ללמד באוניברסיטה העברית את השיעורים אותם לימד.
