העיר אפולוניה (Απολλωνία) הוקמה בשנת 588 לפסה”נ סמוך לחוף הים האדריאטי, בשטחה של אלבניה כיום. ההיסטוריה היוונית מלמדת שמייסדיה היו מתיישבים מקֶרְקִירָה, היא האי קורפו ומקורינתוס, עיר הנמל בצפון-מזרח חצי האי הפלופונזי. הם כינו את עירם על שם אפולו – אל השמש.
אריסטו, הפילוסוף בן המאה הרביעית לפסה”נ, מתאר את העיר אפולוניה כדוגמה מובהקת לאוליגרכיה בה מיעוט של יוונים שולט ברוב של תושבים מקומיים איליריים. העיר נודעה כמרכז סחר בעבדים.
הגיאוגרף היווני סטראבון (Στράβων), היה בן העיר אָמַסְיָה שבהרי הפונטוס, כיום בתורכיה, באותם ימים – במאה הראשונה לפסה”נ ובמאה הראשונה לספירה, היה זה חבל ארץ יווני בתחום האימפריה הרומית. סטראבון, אשר כונה על ידי הרומים סטראבו, היה גדול הגיאוגרפים של העת העתיקה וחיבורו האדיר ‘גיאוגרפיקה’ מספק מידע עשיר על ארצות העולם העתיק והוא מתאר בספרו גם את העיר אפולוניה כעיר המנוהלת היטב.
העיר אפולוניה הטביעה מטבעות עיר ותפוצתן הרבה לאורך נהר הדנובה ובאזור הבלקן ומעבר להם מעידה על קשריה המסחריים הנרחבים.
במאה השלישית שלט בעיר פירוּס, מלך אפירוּס. אך בעקבות ‘ניצחון פירוס’ על הצבא הרומי, אשר שחק לחלוטין את הכוח הצבאי של אפירוס, רומי השתלטה בשנת 229 על המרחב כולו ועל העיר אפולוניה. החל משנת 148 לפסה”נ נמנתה אפולוניה על שטחה של הפרובינקיה מקדוניה בתחום הרפובליקה הרומית. אוקטביאנוס שהה באפולוניה ולמד אצל הפילוסוף אָתְנוֹדוֹרוּס קָנָאניטֶס. קנאניטס היה בן העיר קנאנה, הסמוכה לתרסוס שעל חוף הים התיכון, בתורכיה של היום. הוא היה תלמידו של פוֹסֶ דוֹנְ יוּס מרודוס וחברו הטוב של סטארבו. כשיוליוס קיסר נרצח יצא אוקטבניאנוס בדרכו לרומא, שם התמנה לקיסר אוגוסטוס. אתנודורוס קנאניטס ליווה את תלמידו לרומא ותמך בו בראשית דרכו. מסופר שהוא לימד אותו שבשעת זעם עליו לקרוא את האלפא-בית, או כמו שנאמר בימינו: “לספור עד עשר”, לפני שהוא מגיב. הפילוסוף הרומי המפורסם קִיקֶרוֹ מזכיר את העיר אפולוניה בדברי התוכחה, אשר זכו לכינוי פיליפיקות, אותם הפנה לאוקטבינוס.
אפולוניה הייתה עיר נמל חשובה וסחורות שהגיעו לנמלה נפוצו בעיקר בדרך הרומית החשובה, ה’וויה אֶגְנַטְיָה’ לעבר סלוניקי ובהמשך מזרחה לביזנטיון (לימים קונסטנטינופוליס, איסטנבול). אורכה של הדרך היה 1,120 ק”מ והיא נסללה, כנראה במאה השנייה לפסה”נ, על פי מיטב הסטנדרטים של דרך רומית אימפריאלית. הדרך נקראה על שמו של הפרוקונסול של מקדוניה (Gnaeus Egnatius), אשר הורה להקימה. במידה רבה היא היוותה המשכה של ה’וויה אפיה’, הדרך המפורסמת ביותר באימפריה הרומית, אשר יצאה מרומא הבירה ונעה דרומה עד ל’בְרִינְדִיזְיוּם’, כיום העיר ברינדיזי שעל החוף המערבי של הים האדריאטי. ממש מול ברינדיזיום הייתה העיר דִירְכְיוּם, על החוף המזרחי של הים האדריאטי, במקום בו נמצאת כיום העיר דוּרֶס, מערבית לטירנה, וממנה החלה ה’וויה אגנטיה’. הדרך הזו הייתה כה חשובה בהיסטוריה של הבלקן ובכלכלת האזור, עד שהיא המשיכה לשמש כציר מסחרי עיקרי לקונסטנטינופול בתקופה הביזנטית ואף שימשה את מסעות הצלב בדרכם מאירופה לקונסטנטינופול ולארץ ישראל. בשנת 2010 נחנכה ביוון אוטוסטרדה מהמתקדמות ביותר באירופה, אשר נקראה אגנטיה אוֹדוֹס, וחלקים ניכרים ממנה תוכננו במקביל לדרך העתיקה.
רעידת אדמה קשה שפקדה את העיר במאה השלישית לספירה פגעה בה קשות. במקביל החל הנמל של העיר להיסתם בסחף שהגיע מהנהר וולוסה. כמו בערי נמל רבות בעת העתיקה, סתימת הנמל הלכה והגבילה את אפשרויות העגינה של ספינות ענק ובעקבות זאת הפעילות הכלכלית בנמל ובעיר כולה הלכה ודעכה והעיר שקעה.
החפירה הארכיאולוגית באתר החלה בימי מלחמת העולם הראשונה, בניהולה של משלחת אוסטרית. בשנים 1938-1924 חפרה במקום משלחת צרפתית ולאחר מלחמת העולם השנייה המשיכו חפירות באתר על ידי ארכיאולוגים אלבנים.
בין המונומנטים הבולטים בעיר ניתן לציין חומה בעובי 3 מטרים שהקיפה את העיר לאורך למעלה כ- 4 ק”מ. שטח העיר היה למעלה מאלף דונמים וחיו בה בשיאה עשרות אלפי תושבים.
המונומנט המפורסם בעיר, המכונה מונומנט אָגוֹנוֹתֶטֶס, הינו חזית של מבנה ציבורי מהמאה השנייה לספירה, הכוללת ארבעה עמודים בין שתי אומנות. במקום היה הבוּלֶטֶריוֹן – בו פעלה ממשלת העיר – היא הגוף האקזקוטיבי אשר ניהל בפועל את העיר. מול החזית הזו נמצא מבנה מושבים, הנראה כתיאטרון קטן יחסית ובו מקום לכ- 300 מושבים, אשר שימש אולי כאֶקְלֶסְיוֹן – בית התכנסות של מועצת העיר, אשר היוותה הגוף הייצוגי הנבחר של העיר. בפרסומים רבים נקרא המבנה אוֹדיאוֹן, כינוי זה דבק בו בשל הנטייה לכנות כל מבנה מושבים קטן –אודיאון. אך האודיאון היה מבנה מושבים מקורה בתקרת רעפים והוא נועד למופעי זמרה. מצדו השני של הבולטריון נותרו שרידי שני מקדשים במצב השתמרות גרוע.
ניתן לראות בעיר שרידים של סטואה דו-קומתית מהמאה הרביעית לפסה”נ שאורכה 77 מטרים (איור לעיל). בנוסף, נחשף אתר הספרייה העירונית, מוסד שהפך מרכזי בכל עיר חשובה ברחבי האימפריה הרומית. ברחבי העיר נחשפו רצפות פסיפס מרשימות ובשנים האחרונות נחשף מקדש יווני קדום בידי משלחת ארכיאולוגית שחופרת באתר. בעיר היה כמקובל גם תיאטרון, אך מערכת המושבים שלו לא חשופה וכל שניתן לראות ממנו הינה האורקסטרה ושפע פרטים אדריכליים שמקורם בעיקר במבנה הבמה.
סמוך לחורבות העיר הרומית נמצאת כנסיית מריה הקדושה והמנזר הצמוד לה, מהמאה ארבע-עשרה. במנזר נמצא המוזיאון המקומי המציג ממצאים מהחפירות באתר.
